Full metadata record
DC poleHodnotaJazyk
dc.contributor.advisorHoudová Lucie, Ing. Ph.D.
dc.contributor.authorKratochvílová, Kateřina
dc.contributor.refereeKohout Josef, Doc. Ing. Ph.D.
dc.date.accepted2020-9-8
dc.date.accessioned2020-11-10T00:38:40Z-
dc.date.available2019-9-11
dc.date.available2020-11-10T00:38:40Z-
dc.date.issued2020
dc.date.submitted2020-8-7
dc.identifier82456
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11025/41750
dc.description.abstractDiplomová práce se zabývá identifikací KIR alel. Cílem práce je návrh a im- plementace nástroje pro jejich automatickou identifikaci. V práci jsou před- staveny KIR geny a metody získávaní genomických dat s využitím DNA sekvenace, konkrétně next-generation sequencing (NGS). Dále byly analyzo- vány využitelné bioinformatické nástroje. Samotný identifikační nástroj byl vyvíjen na syntetických readech a nakonec testován a verifikován na datech komerčních linii DNA získaných z FN Plzeň/BC LF UK Plzeň. Vytváření syntetických readů probíhalo pomocí nástroje ART, pro zarovnávání readů na referenční DNA sekvence byl využit nástroj Bowtie2. V rámci vývoje bylo navrženo několik možných přístupů, které byly poté vyhodnoceny s ohledem na jejich možné využití.cs
dc.format101 s. (119 141 znaků)cs
dc.format.mimetypeapplication/pdf
dc.language.isocscs
dc.publisherZápadočeská univerzita v Plznics
dc.rightsPlný text práce je přístupný bez omezení.cs
dc.subjectdnacs
dc.subjectgenycs
dc.subjectalelacs
dc.subjectkircs
dc.subjectkiller-cell imunoglobulin-like receptorcs
dc.subjectnon-hlacs
dc.subjectngscs
dc.subjectnext-generation sequencingcs
dc.subjectpythoncs
dc.titleNástroj pro automatickou identifikaci KIR alelcs
dc.title.alternativeTool for automatic identification of KIR allelesen
dc.typediplomová prácecs
dc.thesis.degree-nameIng.cs
dc.thesis.degree-levelNavazujícícs
dc.thesis.degree-grantorZápadočeská univerzita v Plzni. Fakulta aplikovaných vědcs
dc.thesis.degree-programInženýrská informatikacs
dc.description.resultObhájenocs
dc.rights.accessopenAccessen
dc.description.abstract-translatedThis masters thesis is focused on the identification of KIR alleles. The aim is to design and implement a tool for their automatic identification. First, the KIR genes and methods used to obtain the genomic data using DNA sequencing - next-generation sequencing (NGS) - were introduced. Secondly, the possible bioinformatic tools were analyzed. The identification tool was developed on synthetics reads and then tested and verified by commercial DNA data acquired from FN Plzeň / BC LF UK Plzeň. The creation of synthetic reads was done with a help of ART tool and referencial DNA sequence alligning was done by Bowtie2. During the development, several approaches were proposed and evaluated based on their possible application.en
dc.subject.translateddnaen
dc.subject.translatedgensen
dc.subject.translatedallelesen
dc.subject.translatedkiller-cell imunoglobulin-like receptoren
dc.subject.translatednon-hlaen
dc.subject.translatedngsen
dc.subject.translatednext-generation sequencingen
dc.subject.translatedpythonen
Vyskytuje se v kolekcích:Diplomové práce / Theses (KIV)

Soubory připojené k záznamu:
Soubor Popis VelikostFormát 
dokumentace_Kratochvilova_Katerina_0.pdfPlný text práce5,12 MBAdobe PDFZobrazit/otevřít
A17N0035Phodnoceni-ved.PDFPosudek vedoucího práce441,05 kBAdobe PDFZobrazit/otevřít
A17N0035Pposudek-op.pdfPosudek oponenta práce193,73 kBAdobe PDFZobrazit/otevřít
A17N0035Pobhajoba.PDFPrůběh obhajoby práce298,18 kBAdobe PDFZobrazit/otevřít
Zobrazit minimální záznam Zobrazit statistiky


Použijte tento identifikátor k citaci nebo jako odkaz na tento záznam: http://hdl.handle.net/11025/41750

Všechny záznamy v DSpace jsou chráněny autorskými právy, všechna práva vyhrazena.

hledání
navigace
  1. DSpace at University of West Bohemia
  2. Vysokoškolské kvalifikační práce / Theses
  3. Fakulta aplikovaných věd / Faculty of Applied Sciences
  4. Katedra informatiky a výpočetní techniky / Department of Computer Science and Engineering
  5. Diplomové práce / Theses (KIV)