Full metadata record
DC pole | Hodnota | Jazyk |
---|---|---|
dc.contributor.advisor | Houdová Lucie, Ing. Ph.D. | |
dc.contributor.author | Kratochvílová, Kateřina | |
dc.contributor.referee | Kohout Josef, Doc. Ing. Ph.D. | |
dc.date.accepted | 2020-9-8 | |
dc.date.accessioned | 2020-11-10T00:38:40Z | - |
dc.date.available | 2019-9-11 | |
dc.date.available | 2020-11-10T00:38:40Z | - |
dc.date.issued | 2020 | |
dc.date.submitted | 2020-8-7 | |
dc.identifier | 82456 | |
dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/11025/41750 | |
dc.description.abstract | Diplomová práce se zabývá identifikací KIR alel. Cílem práce je návrh a im- plementace nástroje pro jejich automatickou identifikaci. V práci jsou před- staveny KIR geny a metody získávaní genomických dat s využitím DNA sekvenace, konkrétně next-generation sequencing (NGS). Dále byly analyzo- vány využitelné bioinformatické nástroje. Samotný identifikační nástroj byl vyvíjen na syntetických readech a nakonec testován a verifikován na datech komerčních linii DNA získaných z FN Plzeň/BC LF UK Plzeň. Vytváření syntetických readů probíhalo pomocí nástroje ART, pro zarovnávání readů na referenční DNA sekvence byl využit nástroj Bowtie2. V rámci vývoje bylo navrženo několik možných přístupů, které byly poté vyhodnoceny s ohledem na jejich možné využití. | cs |
dc.format | 101 s. (119 141 znaků) | cs |
dc.format.mimetype | application/pdf | |
dc.language.iso | cs | cs |
dc.publisher | Západočeská univerzita v Plzni | cs |
dc.relation.isreferencedby | https://portal.zcu.cz/StagPortletsJSR168/CleanUrl?urlid=prohlizeni-prace-detail&praceIdno=82456 | - |
dc.rights | Plný text práce je přístupný bez omezení. | cs |
dc.subject | dna | cs |
dc.subject | geny | cs |
dc.subject | alela | cs |
dc.subject | kir | cs |
dc.subject | killer-cell imunoglobulin-like receptor | cs |
dc.subject | non-hla | cs |
dc.subject | ngs | cs |
dc.subject | next-generation sequencing | cs |
dc.subject | python | cs |
dc.title | Nástroj pro automatickou identifikaci KIR alel | cs |
dc.title.alternative | Tool for automatic identification of KIR alleles | en |
dc.type | diplomová práce | cs |
dc.thesis.degree-name | Ing. | cs |
dc.thesis.degree-level | Navazující | cs |
dc.thesis.degree-grantor | Západočeská univerzita v Plzni. Fakulta aplikovaných věd | cs |
dc.thesis.degree-program | Inženýrská informatika | cs |
dc.description.result | Obhájeno | cs |
dc.rights.access | openAccess | en |
dc.description.abstract-translated | This masters thesis is focused on the identification of KIR alleles. The aim is to design and implement a tool for their automatic identification. First, the KIR genes and methods used to obtain the genomic data using DNA sequencing - next-generation sequencing (NGS) - were introduced. Secondly, the possible bioinformatic tools were analyzed. The identification tool was developed on synthetics reads and then tested and verified by commercial DNA data acquired from FN Plzeň / BC LF UK Plzeň. The creation of synthetic reads was done with a help of ART tool and referencial DNA sequence alligning was done by Bowtie2. During the development, several approaches were proposed and evaluated based on their possible application. | en |
dc.subject.translated | dna | en |
dc.subject.translated | gens | en |
dc.subject.translated | alleles | en |
dc.subject.translated | killer-cell imunoglobulin-like receptor | en |
dc.subject.translated | non-hla | en |
dc.subject.translated | ngs | en |
dc.subject.translated | next-generation sequencing | en |
dc.subject.translated | python | en |
Vyskytuje se v kolekcích: | Diplomové práce / Theses (KIV) |
Soubory připojené k záznamu:
Soubor | Popis | Velikost | Formát | |
---|---|---|---|---|
dokumentace_Kratochvilova_Katerina_0.pdf | Plný text práce | 5,12 MB | Adobe PDF | Zobrazit/otevřít |
A17N0035Phodnoceni-ved.PDF | Posudek vedoucího práce | 441,05 kB | Adobe PDF | Zobrazit/otevřít |
A17N0035Pposudek-op.pdf | Posudek oponenta práce | 193,73 kB | Adobe PDF | Zobrazit/otevřít |
A17N0035Pobhajoba.PDF | Průběh obhajoby práce | 298,18 kB | Adobe PDF | Zobrazit/otevřít |
Kratochvilova_diplomova_prace.zip | VŠKP - příloha | 1,5 GB | ZIP | Zobrazit/otevřít |
Použijte tento identifikátor k citaci nebo jako odkaz na tento záznam:
http://hdl.handle.net/11025/41750
Všechny záznamy v DSpace jsou chráněny autorskými právy, všechna práva vyhrazena.