Title: Nástroj pro automatickou identifikaci KIR alel
Other Titles: Tool for automatic identification of KIR alleles
Authors: Kratochvílová, Kateřina
Advisor: Houdová Lucie, Ing. Ph.D.
Referee: Kohout Josef, Doc. Ing. Ph.D.
Issue Date: 2020
Publisher: Západočeská univerzita v Plzni
Document type: diplomová práce
URI: http://hdl.handle.net/11025/41750
Keywords: dna;geny;alela;kir;killer-cell imunoglobulin-like receptor;non-hla;ngs;next-generation sequencing;python
Keywords in different language: dna;gens;alleles;killer-cell imunoglobulin-like receptor;non-hla;ngs;next-generation sequencing;python
Abstract: Diplomová práce se zabývá identifikací KIR alel. Cílem práce je návrh a im- plementace nástroje pro jejich automatickou identifikaci. V práci jsou před- staveny KIR geny a metody získávaní genomických dat s využitím DNA sekvenace, konkrétně next-generation sequencing (NGS). Dále byly analyzo- vány využitelné bioinformatické nástroje. Samotný identifikační nástroj byl vyvíjen na syntetických readech a nakonec testován a verifikován na datech komerčních linii DNA získaných z FN Plzeň/BC LF UK Plzeň. Vytváření syntetických readů probíhalo pomocí nástroje ART, pro zarovnávání readů na referenční DNA sekvence byl využit nástroj Bowtie2. V rámci vývoje bylo navrženo několik možných přístupů, které byly poté vyhodnoceny s ohledem na jejich možné využití.
Abstract in different language: This masters thesis is focused on the identification of KIR alleles. The aim is to design and implement a tool for their automatic identification. First, the KIR genes and methods used to obtain the genomic data using DNA sequencing - next-generation sequencing (NGS) - were introduced. Secondly, the possible bioinformatic tools were analyzed. The identification tool was developed on synthetics reads and then tested and verified by commercial DNA data acquired from FN Plzeň / BC LF UK Plzeň. The creation of synthetic reads was done with a help of ART tool and referencial DNA sequence alligning was done by Bowtie2. During the development, several approaches were proposed and evaluated based on their possible application.
Rights: Plný text práce je přístupný bez omezení.
Appears in Collections:Diplomové práce / Theses (KIV)

Files in This Item:
File Description SizeFormat 
dokumentace_Kratochvilova_Katerina_0.pdfPlný text práce5,12 MBAdobe PDFView/Open
A17N0035Phodnoceni-ved.PDFPosudek vedoucího práce441,05 kBAdobe PDFView/Open
A17N0035Pposudek-op.pdfPosudek oponenta práce193,73 kBAdobe PDFView/Open
A17N0035Pobhajoba.PDFPrůběh obhajoby práce298,18 kBAdobe PDFView/Open
Kratochvilova_diplomova_prace.zipVŠKP - příloha1,5 GBZIPView/Open


Please use this identifier to cite or link to this item: http://hdl.handle.net/11025/41750

Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.