| Title: | Metoda pro identifikaci MICA a MICB genů |
| Other Titles: | MICA and MICB Gene Identification Method |
| Authors: | Rottenbornová, Lucie |
| Advisor: | Houdová Lucie, Ing. Ph.D. |
| Referee: | Ostašov Pavel, Mgr. Ph.D. |
| Issue Date: | 2021 |
| Publisher: | Západočeská univerzita v Plzni |
| Document type: | bakalářská práce |
| URI: | http://hdl.handle.net/11025/44977 |
| Keywords: | bioinformatika;bioinženýrství;identifikace genů;mica;micb;sangerovo sekvenování;sekvenování nové generace |
| Keywords in different language: | bioinformatics;bioengineering;gene identification;mica;micb;sanger sequencing;next-generation sequencing |
| Abstract: | Bakalářská práce se zabývá identifikací alel MICA a MICB genů pro následné použití v rámci transplantce kostní dřeně. Cílem práce je seznámení se s významem genů MICA a MICB, porovnání sekvenačních metod, zejména Sangerovo sekvenování a Next-generation sekvenování (NGS), porozumění problematice identifikace alel a následný návrh metody pro automatickou identifikaci alel. Metoda byla vyvíjena na základě syntetických dat s vlastnostmi vycházejícími z reálných experimentů prováděných ve FN Plzeň. Kromě samotné metody realizované v jazyce Python za pomoci rozšíření Biopython je v práci popsán způsob získávání referenčních dat, vytváření syntetických dat a zhodnoceny výsledky ověřování metody. |
| Abstract in different language: | This bachelor thesis deals with the identification of alleles of MICA and MICB genes for subsequent use in bone marrow transplantation. The aim is to get acquainted with the importance of MICA and MICB genes in bone marrow transplant, comparison of sequencing methods, especially Sanger sequencing and Next-generation sequencing (NGS), understanding the problems of allele identification and subsequent design of method for automatic allele identification. The method was developed based on synthetic data with properties similar to real data from experiments performed at FN Plzeň. In addition to the method implemented in Python using the Biopython extension, the work describes the method of obtaining reference data, creating synthetic data and evaluating the results of verifying the method. |
| Rights: | Plný text práce je přístupný bez omezení. |
| Appears in Collections: | Bakalářské práce / Bachelor´s works (KKY) |
Files in This Item:
| File | Description | Size | Format | |
|---|---|---|---|---|
| Dokumentace_Rottenbornova_Lucie.pdf | Plný text práce | 1,63 MB | Adobe PDF | View/Open |
| rottenbornova-v.pdf | Posudek vedoucího práce | 358,01 kB | Adobe PDF | View/Open |
| rottenbornova-o.pdf | Posudek oponenta práce | 817,95 kB | Adobe PDF | View/Open |
| rottenbornova-p.pdf | Průběh obhajoby práce | 177,35 kB | Adobe PDF | View/Open |
| BP_el_verze_Rottenbornova_Lucie.zip | VŠKP - příloha | 5,09 MB | ZIP | View/Open |
Please use this identifier to cite or link to this item:
http://hdl.handle.net/11025/44977Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.